市場普遍估計「南下」基金將遠遠超過「北上」基金，資料也顯示，符合基金互認資格的內地基金高達850隻。面對這麼多基金涌港，本港投資者除要精挑細選外，更應注意相關風險。
注意額度限制
首先，投資者應先注意額度限制。由於內地與香港基金互認受整體投資額度所限制，意味著若3000億元(人民幣，下同)額度用完，基金可能於任何時間暫停接受認購。
同時，慎防基金不能達資格條件的要求。如內地基金互認不再符合任何根據內地與香港基金互認計劃的資格條件的要求，它將不會被允許接受任何新的認購。在最壞的情況下，若基金違反有關資格條件的要求，本港證監會甚至可能撤銷該基金可以於香港作公開銷售的認可。此外，并無保證基金可持續符合有關要求。
其次，投資者要注意內地稅務風險、不同市場交易模式、集中性風險、人民幣匯率及兌換風險，以及人民幣兌換限制風險。
稅務方面，由於目前有關投資內地互認基金的稅務安排并不明確的地方，投資者或要承擔存在內地稅務責任的不確定性。
至於內地和香港的市場交易模式也會有所不同。此外，內地互認基金與現時香港認可作公開銷售的基金的操作安排在某些做法上或有不同。例如，內地互認基金或只接受於內地及香港市場同時營業的日子方接受認購或贖回單位，或於截止時間或交易日的安排上，內地互認基金或與現時香港的基金不同。投資者應確保了解這些差異及相關影響。
內地市場風險方面，由於內地互認基金主要投資於內地市場有關的證券，有可能面對額外的集中性風險。相比投資於其他市場，投資於內地或會衍生不同的風險包括政治，政策、稅務、經濟、外匯兌換、法律、監管及流動性風險。
此外，在人民幣現時不可自由兌換下，即仍受到外匯管制和限制，那投資者要承受人民幣或貶值等匯率風險及兌換限制等。林德芬
