粵港澳大灣區作為一個經濟整體，集中了大珠三角地區主要的機場群和港口群，空運及海運貨物處理量不但領先全國，更在全球排名第一。珠三角還有以灣區為中心的放射狀鐵路和高速公路干網，擁有內外多式交通聯動的物流優勢。粵港澳大灣區可謂是含着「含着金鑰匙」出生，擁有得天獨厚的優勢。不過，香港港口近年已不具領先地位，所以香港必須積極融入大灣區的整合發展中，才能從中獲利。
有機遇總有挑戰，雖然粵港澳大灣區土地儲備充足，客貨吞吐能力明顯超越世界其他灣區，但大灣區經濟目前仍以工業為主，第三產業比重偏低。此外，粵港澳大灣區港口吞吐量雖然具備優勢，但區內港口之間的運輸類別存在重疊。
避免灣區港口功能重疊
舉個例子，珠海港、東莞港、湛江港三個港口的貨種均以煤炭、液體散貨、金屬礦石為主，而廣州港、深圳港、香港港口主要以集裝箱為主，港口服務區域趨同。粵港澳大灣區的整合就是要將港口功能差异化，以集裝箱、能源化工、鋼鐵、軍事等類別進行分工，發揮港口間的協同效應，實現資源共用，提高生產效率。同理，區內很多城市間的主導產業，差异化程度尚不明顯，分工尚需進一步細化。
未來可以深圳為發展核心零部件研發，以廣州為核心發展高端裝備制造，以惠州為核心發展汽車裝備與清潔能源，并充分發揮香港國際金融中心區位優勢，以及利用澳門休镕旅游和博彩業對接葡語系國家，擴大灣區對外開放程度，實現港口城市和腹地城市的產業互補。
須善用香港空運優勢
由於香港港口功能已經減弱，更具優勢的可能便是香港國際機場了。香港機場每階段的成績一直都很傲人，根據香港機場管理局最新數據可以看到，香港國際機場2017年上半年度的客運量比去年同期上升1.3%至3570萬人次，飛機起降量同比上升0.9%至206560架次。單計6月份，貨運量為41萬公噸，較去年同期升11.4%，當中出口貨運量更比去年升17%，6月客運量及飛機起降量分別有590萬人次及34590架次，分別較去年增長0.5%及2.4%。
香港貿發局研究表示，憑藉香港、深圳和廣州機場和港口服務網絡和效率優勢，加上粵港兩地海關和港口的緊密合作，例如香港機場與南沙保稅港區物流園區的一站式空陸聯運超級干線的新型物流服務，粵港澳大灣區在未來連接環球主要區域供應鏈和服務中國連接亞洲區域供應鏈發展中，將可維持物流樞紐的地位和競爭力。
另外，貿發局還表示，由於香港有較強的國際航線(客運和貨運)聯繫，可以通過將香港與深圳機場和港口的水陸交通聯繫和海關合作，提供聯繫內地城市和海外市場的多式聯運服務。另外，港珠澳大橋通車后，珠海機場也可與香港機場有更緊密合作，進一步加強大灣區作為國際物流樞紐的競爭力，成為環球物流中心。
目前內地已經成為香港最大和最重要的貿易夥伴，香港則是內地第六大貿易夥伴和第四大出口市場。總體而言，在促進大灣區物流資源整合和優勢互補方面，粵港兩地可進一步加強合作，互利共贏，創造更大的發展空間，提升國際貿易線上物流、通關、支付、溯源、追踪等先進高效服務。
