為在新時代深入實施創新驅動發展戰略，促進內地與香港、澳門特別行政區（下稱「港澳特區」）發揮科技優勢、加強科技合作，支持港澳特區科技創新發展，鼓勵愛國愛港愛澳科學家在建設創新型國家和科技強國中發揮更大作用，科技部、財政部研究制定《關於鼓勵香港特別行政區、澳門特別行政區高等院校和科研機構參與中央財政科技計劃（專項、基金等）組織實施的若干規定（試行）》（2018年2月9日簽發，5月14日發布）。其主要內容如下：
●港澳特區高等院校和科研機構（下稱「港澳機構」）可通過競爭擇優方式承擔中央財政科技計劃項目，并獲得項目經費資助。
●中央財政科技計劃資助港澳機構的科研活動，一般應當公開發布項目指南，明確提出資助方式及鼓勵港澳機構參與申報的領域和方向。
●港澳機構可聯合內地單位，按照指南要求牽頭或參與申報中央財政科技計劃的相關項目，并根據港澳特區科研活動的實際支出情况提出項目經費需求。港澳特區申報中央財政科技計劃項目的具體機構，由內地與香港、內地與澳門科技合作委員會協商確定。
●港澳機構申報項目應按照中央財政科技計劃的有關要求提交申報材料，參加內地組織的項目評審，通過公平競爭獲得資助。
●經評審立項的港澳機構牽頭申報的項目，應當由內地項目管理機構與港澳機構簽訂承擔項目任務（合同）書，明確項目目標、研究內容、經費資助額度和支出內容等，根據任務（合同）書組織項目實施、開展項目管理；由內地單位牽頭、港澳機構參與的項目，內地單位也應與港澳機構簽訂任務（合同）書。
●中央財政科技計劃資助港澳機構的項目經費，相關項目管理機構應當按照國庫集中支付的有關規定和向境外支付的有關要求，及時辦理資金支付手續。其中，由港澳機構與內地單位聯合承擔的項目，項目經費可分別支付至港澳機構和內地單位。
●港澳機構牽頭承擔項目的過程管理、驗收評估、相關服務等工作，可由內地項目管理機構組織開展，也可以委託港澳特區的機構實施。
●中央財政科技計劃與港澳特區的科技計劃可通過聯合資助項目等方式，支持內地與港澳機構加強科技合作與交流。
●中央財政科技計劃主管部門可根據科技計劃管理制度、本規定和港澳特區的實際情况，對港澳機構申報、承擔項目的具體要求事項作出專門規定，并積極邀請港澳科學家參與中央財政科技計劃戰略諮詢、項目管理和驗收評估等工作。
●原中央財政科技計劃相關管理制度限定項目承擔單位為內地高等院校、科研機構、企業等，現按本規定拓展至符合條件的港澳機構。
